Das Institut für Informatik ist zu einer festen Größe an der Martin-Luther-Universität und für die Unternehmen aus Halle und Umgebung geworden. Als eher kleine Informatik hat das Institut seine Schwerpunkte in der Angewandten Informatik und der Bioinformatik. Der Schwerpunkt Bioinformatik wurde mit der Besetzung einer zweiten Bioinformatik-Professur und der mit dem Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung Gatersleben gemeinsamen Professur Pflanzenbioinformatik im Oktober 2007 zielgerichtet ausgebaut.

Die thematische Fokussierung liegt auf Genregulation und biologischen Netzwerken, insbesondere regulatorische und metabolische Netze, der Analyse biologischer Hochdurchsatzdaten wie Sequenz-, Expressions- und Metabolitdaten sowie biologischer Bilddaten. In diesen Bereichen wurden erfolgreich DFG- und BMBF-Projekte eingeworben, speziell im DFG SPP 1395 „Informations- und Kommunikationstheorie in der Molekularbiologie“ (InKoMBio), in der BMBF-Initiative „Lebensbasis Pflanze – von der Genomanalyse zur Produktinnovation“ (GABI-Future) sowie in dem Leibniz-Pakt für Forschung und Innovation. Zudem gibt es eine Reihe Industrie-finanzierter Projekte, beispielsweise mit den Firmen Sungene / BASF Plant Science und Bayer Crop Sciences, ebenso Kooperationen mit dem Institut für Agrar- und Ernährungswissenschaften und der Fakultät für Medizin. Im Bereich der Algorithmik und kombinatorischen Optimierung hat das Institut für Informatik mit zwei DFG-Projekten, davon eines im DFG SPP 1307 „Algorithm Engineering“, und einem Projekt der Volkswagen-Stiftung sowie zwei Industrieprojekten mit deutschlandweit agierenden Unternehmen (DB Bahn AG, European Center for Aviation Development) eine gute nationale und internationale Sichtbarkeit erreicht.

Ähnlich verhält es sich mit dem Bereich Formale Methoden zur Synthese und Verifikation von Systemen mit insgesamt vier laufenden Projekten, die durch DFG, BmWI, Humboldt-Stiftung und Industrie (Siemens Transportation Systems) gefördert werden. Die Verankerung des Instituts für Informatik in der Region zeigt sich an vielfachen Kooperationen und gemeinsamen Projekten der letzten Jahre. So sind die Community-Plattformen mysputnik.de, myMDRKlassik.de und meinFIGARO.de des Mitteldeutschen Rundfunks am Institut entwickelt worden. Ab 2011 erfolgt eine Konzentration auf myMDRKlassik.de und meinFIGARO.de in Hinblick auf Usability-Fragen bei den durch diese Sender angesprochenen Personenkreisen. Im Rahmen eines Projektes im BMBF-Programm „KMU-innovativ“ arbeitet das Institut in Kooperation mit der Firma OR Soft Jänicke GmbH, Merseburg, und der TU Dresden an prozessorientierten Konzepten zur intuitiven Bedienung von Planungs- und ERP-Systemen.

Mit Leben erfüllte Kooperationen existieren mit weiteren Unternehmen, so mit der GISA GmbH, einem der größten IT-Dienstleister in Mitteldeutschland, mit celloon, einem in Halle ansässigen, auf Mobile Marketing und Multi-Channel Marketing spezialisierten Dienstleister, mit unister GmbH, einem deutschlandweit agierenden Betreiber und Vermarkter von Internetseiten aus Leipzig, und mit ESC GbR, einem auf IT-Security spezialisierten Halleschen Unternehmen. Die Verankerung des Instituts innerhalb der Martin-Luther-Universität selbst hat sich in den letzten Jahren deutlich verstärkt. Neben den durch die Arbeitsgruppen der Bioinformatik gelebten Kooperationen mit dem biowissenschaftlichen Bereich, dem landwirtschafts­wissenschaftlichen Bereich und dem medizinischen Bereich der Universität konnten in den letzten Jahren erste Brücken zu den Geisteswissenschaften geschlagen werden, um der Informatik als Strukturwissenschaft auch in diesen Gebieten gerecht zu werden.

Im Dezember 2010 wurde unter Federführung des Instituts für Informatik zusammen mit Kollegen der Philologien der Martin-Luther-Universität ein Arbeitskreis „E2 – Elektronisches Edieren“ im Universitätszentrum Informatik eingerichtet mit dem Ziel, Technologien aus der Informatik in den Geisteswissenschaften und verwandten Bereichen zu etablieren. Durch den Arbeitskreis erfolgen in einer ersten Phase modellhafte Projekte, wie z. B. in Kooperation mit dem Institut für Romanistik die Erstellung einer Online-Ausgabe der Briefe aus Paris (1842) von Karl Ferdinand Gutzkow und in Kooperation mit dem Germanistischen Institut die Erstellung einer Online-Ausgabe des Mittelelbischen Wörterbuches mit angepassten Suchfunktionen. Eine langjährige enge Zusammenarbeit existiert zwischen dem Institut für Informatik und dem Universitätsrechenzentrum / Universitätsverwaltung. Aktuell bearbeitet das Institut für Informatik das im Rahmen von EFRE geförderte Projekt „Smartcard basiertes Single-Sign On“ zur Verbesserung der IT-Sicherheit an der Universität.