Verbundprojekt FUGATO-Plus GENE-FL Genetische Grundlagen der Fundamentstabilität beim Rind, Schwein, Pferd und Schaf Teilprojekt Halle: Kandidatengenliste, Phänotypen Rind, Statistische Analyse; Koordination des Verbundprojektes

Erkrankungen des Fundaments bzw. seine Stabilität sind bei den Nutztieren Rind, Schwein, Schaf und Pferd ein Problem, welches nicht nur den betriebswirtschaftlichen Erfolg der Vieh haltenden Betriebe gefährdet, sondern auch eine große Bedeutung für das Wohlergehen der Tiere sowie für die Qualität tierischer Produkte besitzt. Beim Rind ist das Hauptproblem die Laminitis (Klauenrehe), für die in einer umfangreichen Pilotstudie (50.000 Beobachtungen) eine Inzidenz von 33 % bei einer Heritabilität von 12% festgestellt wurde. Beim Schwein wurde gleichfalls ein signifikanter genetisch bedingter Hintergrund für das Beinschwäche­syndrom gefunden, welches heute immer häufiger zu Ausfällen bei der Auslieferung potentieller Zuchttiere bzw. zu Ausfällen auf den produ­zierenden Betrieben führt. Beim Schaf ist die Moderhinke eine weltweit bedeutende infektiöse Faktorerkrankung, für die eine Prä­disposition aufgrund der Anatomie und Morphologie der Klaue und des Klauenhornes attestiert wird. In der Reitpferdezucht ist die Osteochondrose ein vermehrt auftretendes Problem, welches sich u.a. in den so genannten Chips der Gelenke der Beine äußert. Auch zur OCD liegen erste Studien vor, die einen partiellen genetischen Hintergrund wahrscheinlich sein lassen. Für alle genannten Tierarten gilt jedoch, dass erst sehr wenige Studien existieren, welche die auftretenden Phänomene auf molekularer Ebene untersuchen. Der zentrale Ansatz des hier vorgeschlagenen Projektes ist es, ausgehend von publizierten Arbeiten zur QTL-Kartierung für Fundamentmerkmale mittels komparativer Genomik eine Liste von Kandidaten­genen und regionen zu entwickeln und diese auf Kopplung, Asso­ziation und Effekte auf die Anfälligkeit zur Ausprägung von Fundamentmängeln zu unter­suchen.  Zur Realisierung werden positionelle und funktionelle innovative methodische Ver­fahren genutzt: Für Pferd und Schwein werden QTL-Analysen mittels eines Genome-scans die Auswahl von SNPs und Kandidatengenen weiter verdichten. Bei beiden Tierarten stehen Populationen in Form der F2-Ressourcenpopulation DUPI des Bonner Institutes (Schwein) und in Form der regulären Untersuchungen von Hengsten bei der Körung (Pferd) zur Verfügung. Für das Schwein wird weiter eine Expressionsanalyse die Auswahl von Kandidatengenen unterstützen. Weitere in-silico Analysen und die Sequenzierung innerhalb von Kandidatengenen dienen der Identifikation von SNP (single nucleotide polymorphisms). Hieraus wird eine Vielzahl von SNPs  resultieren, die dann zur Herstellung eines Anwendungs- und Region-spezifischen SNP-Arrays (Chips) genutzt werden. Es ist vorgesehen, mittels dieser Chips ca. 1000 Tiere (zur Hälfte Rind und Schwein) zu genotypisieren und Assoziations-Analysen mit den gewonnenen Phänotypen durchzuführen. Für Letzteres kann dabei der züchterische Ansatz der Genomischen Selektion genutzt werden.