HAPPAN : Haplotyp und pan-genomische Erschließung der multiparentalen Wildgerste Population HEB-25 zur vollständigen Nutzbarmachung der Ressource für die Züchtung neuer Gerstesorten mit verbesserter Anpassung an sich verändernden Umweltbedingungen.

Ziel des HAPPAN-Projekts ist die Erstellung einer Genom-Referenzsequenz einer Wildgerste- Akzessionen der HEB-25-Population. Darüber hinaus wird die vollständige Sequenzierung aller 25 Wildgersteneltern der HEB-25 angestrebt. Durch den Vergleich von domestizierter und wilder Gerste erwarten wir, dass Positionen mit großen strukturellen Variationen identifiziert und das Pan-Genom der Wildgerste definieren werden können. Anschließend werden diese Pan-Genomdaten verwendet, um die gesamte Population von insgesamt 1.420 Linien dieser sogenannten NAM Population (Nested Association Mapping) zu entschlüsseln. Dies wird die Detektion großer Sequenzvariationen, die Definition eines genomweiten Satz von DNA-Markern mit hoher Dichte und die Ermittlung neuartiger Variationen und Gene ermöglichen, die in domestizierten Gerstenlinien unerschlossen sind.
Die Integration kürzlich veröffentlichter GBS-Markerdaten aus ~20.000 Gerste Akzessionen (Genbank IPK Gatersleben) wird die Verknüpfung unserer Ressource mit der globalen Gerstensammlung ermöglichen. Darüber hinaus werden die im Projekt erhobenen, genomweiten Daten aller 25 Wildgerste-Eltern die Definition eines HAP100k-SNP-Kerndatensatzes zum Ziel haben. Diese Ressource wird das Design eines Genotypisierungs Panels ermöglichen, das direkt auf große Genotypsammlungen anwendbar ist und eine nochmals verbesserter Repräsentation des Gen-Repertoires der Gerste aufweist, inklusive neuer Allele.

HAPPAN : Haplotype and pan-genome exploration of the multiparental wild barley population HEB-25 to access its full potential for breeding improved barley cultivars better adapted to changing environments.

The HAPPAN project aims to establish a genome reference sequence of a wild barley accession of the HEB-25 population. In addition, full sequencing of all 25 wild barley parents of HEB-25 will be achieved. By comparing domesticated and wild barley we expect to identify locations of large structural variations and to define the wild-barley pan-genome. Subsequently the pan genome data will be used to decode the entire population of 1,420 lines of the wild barley nested association mapping (NAM) population HEB-25. This will allow to detect large sequence variations and define an ultra-high density genome-wide set of DNA markers, including novel variations and genes that are untapped in domesticated barley lines.
Integration of recently published GBS marker data from ~20.000 accessions (from IPK Genbank) will facilitate to link our resource to the global barley collection. Furthermore, the genome-wide data of all 25 wild accessions will allow to define a HAP100k core SNP dataset. Here, we define the next panel design that is applicable to genotype large collections, with improved representation of the gene set and comprising a large amount of novel alleles.