Replikation, regionale Detail-Analyse und funktionelle Charakterisierung von GWAs Varianten bei alkoholischer und nicht-alkoholischer chronischer Pankreatitis

Die chronische Pankreatitis ist eine fortschreitende, in Schüben verlaufende Erkrankung,
die typischerweise mit Schmerzattacken oder persistierenden Schmerzen einhergeht. Funktionell
kann eine endokrine und/oder exokrine Insuffizienz resuitieren. Die Inzidenz der
Erkrankung liegt bei 3,5-10 pro 100.000 Einwohner. Somit stellt die chronische Pankreatitis
eine größere Belastung für das Gesundheits- und Sozialwesen dar. Die häufigste Ursache
der Erkrankung ist ein Alkoholabusus. Rauchen scheint ein unabhängiger Risikofaktor zu
sein. Bei Patienten bei denen keine Ursachen für die Erkrankung identifiziert werden konnten,
wurden in den letzten Jahren zahlreiche genetische Assoziationen beschrieben. Dennoch
findet sich auch bei diesen Patienten bei bis zu 50% der Untersuchten keine Erkiärung
für die Entstehung einer chronischen Pankreatitis, so dass weitere genetische Risikofaktoren
vorhanden sein müssen. Um weitere assoziierte Varianten zu identifizieren, untersuchten
wir 2.813 Patienten mit einer nicht-alkoholischen und einer alkoholischen chronischen
Pankreatitis im Rahmen einer genomweiten Assoziationsstudie (GWAs). Bei Patienten
mit einer alkoholischen chronischen Pankreatitis entdeckten wir fünf assoziierte Varianten
mit genomweiter Signifikanz, von denen zwei in einem neuen Genlocus, CTRB1/ CTRB2
und EIF3A, lagen. Um diese Assoziationen im Detail zu analysieren und die funktionellen
Konsequenzen von assoziierten Varianten zu verstehen, werden wir den komplexen
CTRB1/ CTRB2 Locus mittels Sanger Sequenzierung untersuchen. Im nächsten Schritt folgt
eine funktionelle Charakterisierung der ausgewählten Varianten mit adäquaten Methoden
(Protein Sekretion und Aktivitätsbestimmung, Luciferase Assays). Für die nicht-alkoholische
chronische Pankreatitis werden wir eine Replikation der besten 30 Varianten aus der
"screening" Kohorte mit einem j:rWert von größer 1 x 10-5 in einem weiteren Kollektiv von
Patienten und Kontrollen mit multiplex Methoden untersuchen, um neue Assoziationen zu
identifizieren. Wir führten komplexe bioinformatische Methoden wie die Analyse von
"transcription binding site patterns" cis-regulatorischer Varianten durch und werden die
ausgewählten sieben Varianten des CTRB1/CTRB2 Locus und weitere Varianten des EIF3A
Locus als auch mit der NACP assoziierte Varianten funktionell in vitra in verschiedenen Zelllinien
untersuchen. Unsere Strategie erlaubt es uns neue Einblicke in die Pathogenese der
chronischen Pankreatitis zu bekommen und die funktionellen Konsequenzen von assoziierten
genetischen Varianten zu erklären.