Immunomonitor - Validierung einer innovativen Softwarelösung zum dynamischen Vergleich von TCR-Repertoires

Im Rahmen der beteiligten Forschungsprojekte wird die Sequenzierung des Immunrepertoires anhand genomischer DNA durchgeführt, die aus verschiedenen Zellquellen wie Vollblut, PBMCs, lymphatischen Organen (z. B. Milz, Knochenmark) und nicht lymphatischen Organen (z. B. Lungengewebe, Tumor) hergestellt wird unter Verwendung zuvor etablierter Standardarbeitsanweisungen. Darüber hinaus wird an ausgewählten Proben eine Sequenzierung des Immunrepertoires auf RNA-Ebene unter Verwendung von Zellen durchgeführt, die zuvor in RNA-Stabilisierungslösung eingefroren wurden.
Biobank-Tumorproben von einer Kohorte von jungen Patienten mit Prostatakarzinomen, die im Rahmen des International Cancer Genome Consortiums (ICGC) einer Ganzgenomsequenzierung unterzogen wurden, werden immunsequenziert, um die Zusammensetzung des tumorinfiltrierenden T-Zell (TIL) -Repertoires zu bestimmen. Diese Daten dienen dazu, mögliche Immunsignaturen zu identifizieren, die mit der Freiheit von Wiederauftreten von Krankheiten oder metastatischer Ausbreitung korrelieren.
Head-to-head Vergleich DNA/RNA Proben aus der frühen Prostatakrebskohorte werden sowohl quantitativer genomischer DNA-basierter TCRß-Sequenzierung als auch RACE-basierter TCRß-Sequenzierung von RNA / cDNA unterworfen, um einen direkten Vergleich zwischen DNA- und RNA / cDNA-Immunsequenzierungsleistung zu erhalten.