SBGN-ED+-Methoden und Software-Werkzeuge für die Systems Biology Graphical Notation

Die Systems Biology Graphical Notation (SBGN) [Le Novère, 2009] ist eine internationale Initiative für die grafische Darstellung biologischer Netzwerke und zellulärer Prozesse. Sie ist vergleichbar mit standardisierten Notationen von elektronischen Schaltungen in der Elektrotechnik oder der Unified Modelling Language (UML) in der Informatik. Ähnlich zu Standardisierungsinitiativen in anderen Bereichen der Wissenschaften ist es das Ziel von SBGN, den Informationsaustausch zwischen Forschern, der Industrie und anderen Akteuren in der Biologie, der Medizin, der Systembiologie und verwandten Bereichen wesentlich zu erleichtern. SBGN ist daher von großer Bedeutung für den weiteren Erfolg der Systembiologie im Allgemeinen und steht in engem Zusammenhang mit weiteren Standardisierungsinitiativen wie z. B. Systems Biology Markup Language (SBML) für biologische Modelle , BioPAX für biologische Netzwerke und der Systems Biology Ontology (SBO) [Le Novère, 2007] für Begriffe in der Systembiologie. Um die Anwendung von SBGN zu erleichtern und es einer breiten Community zugänglich zu machen, sind Software-Werkzeuge für die Bearbeitung, die Validierung, die Übersetzung, das Layout und die Exploration von SBGN-Karten notwendig. Ziel dieses Projektes ist es, SBGN-ED, das führende Werkzeug für die Arbeit mit SBGN, durch neuartige Methoden und Funktionen für (1) die intuitive, interaktive Arbeit mit SBGN-Karten in den drei SBGN-Sprachen, (2) das automatische Layout von SBGN-Karten und (3) die Interoperabilität mit wichtigen Standards (SBML und BioPAX) und systembiologischen Ressourcen (z.B. BioModels Database [Le Novère, 2006], Panther Pathways ) zu erweitern. Diese neuen Methoden sollen in internationalen Kooperationen eingesetzt und evaluiert werden. Zusätzlich soll dieses Projekt den Impact von SBGN erhöhen, indem Schulungen und andere Aktivitäten zu SBGN und SBGN-ED+ angeboten werden, und die weitere Standardentwicklung intensiv unterstützt wird. ) zu erweitern. Diese neuen Methoden sollen in internationalen Kooperationen eingesetzt und evaluiert werden. Zusätzlich soll dieses Projekt den Impact von SBGN erhöhen, indem Schulungen und andere Aktivitäten zu SBGN und SBGN-ED+ angeboten werden, und die weitere Standardentwicklung intensiv unterstützt wird.