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Cell Differentiation in a Eukaryontic Model System: Control of Sporulation in Physarum Polycephalum
Projektbearbeiter:
Xenia Hoffmann, Regina Pflug
Finanzierung:
Bund;
Das Projekt beschäftigt sich mit der Analyse der Struktur und Dynamik des molekularen Netzwerkes, das die Entscheidung einer eukaryontischen Physarum polycephalum Zelle zur Differenzierung steuert. Zur systematischen Identifizierung der Bausteine des Netzwerkes wird eine Gene Discovery Pipeline aufgebaut und kontinuierlich betrieben werden. Die funktionelle Wechselwirkung der identifizierten Gene wird durch zeitaufgelöste somatische Komplementationsanalyse charakterisiert, und die Struktur des Netzwerkes in Form eines hierarchischen, stochastischen Petri-Netzes rekonstruiert, welches die Simulation dynamischer Prozesse ermöglicht. Die durch Petri-Netz-Modellierung und Simulation erhaltenen Ergebnisse sollen mit Hilfe eines mathematischen Verfahrens zur automatischen Netzwerkrekonstruktion validiert, erweitert und verbessert werden. Das Projekt soll außerdem Daten liefern, um die automatische Netzwerkrekonstruktion anhand auftretender praktischen Probleme und Fragestellungen weiterzuentwickeln und zu erproben.

Schlagworte

Cell differentiation, differential gene expression, gene regulatory network, network reconstruction
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