Stefan Hoerner arbeitet am Institut für Strömungsmechanik und Thermodynamik (ISUT) der Otto-von-Guericke Universität  in Magdeburg und am Labor für Geophysikalische und Industrielle Strömungen (LEGI) in Grenoble, Frankreich.
Sein Forschungsschwerpunkt liegt auf Wasserkraft mit möglichst geringen ökologischen Belastungen und der Entwicklung von Open-Source Software für eine nachhaltigere Forschung.
Von besonderem Interesse sind vertikal-achsige, hydrokinetische Turbinen und die Verwendung adaptiver Strukturen. Die Fluid-Struktur-Wechselwirkung in solchen Turbinen ist Thema seiner Dissertation.
Ein zweites Interessensgebiet ist der Ersatz von Tierversuchen für die Bewertung der Durchgängikeit von Wasserkraftanlagen in Europa durch Ersatzmodelle auf Basis von Numerischen Strömungssimulationen und teilautonomen Sonden.