Die Rolle kleiner Proteine im Pflanzenpathogen <I>Xanthomonas</I>

Kleine offene Leseraster (sORFs), welche weniger als 50 Codons umfassen, werden typischerweise bei der automatisierten Annotation bakterieller Genome ignoriert. Basierend auf RNA-seq-Analysen des pflanzenpathogenen Bakteriums Xanthomonas haben wir eine Vielzahl unbekannter transkribierter sORFs entdeckt, welche möglicherweise sogenannte µ-Proteine kodieren. Im vorliegenden Projekt sollen translatierte sORFs im Xanthomonas-Genom identifiziert und die zugehörigen µ-Proteine hinsichtlich ihrer Rolle in der Xanthomonas-Pflanze-Interaktion untersucht werden.

"The role of small proteins in the plant pathogen Xanthomonas"

Small open reading frames (sORFs), which comprise less than 50 codons are typically ignored during automated annotation of bacterial genomes. Based on RNA-seq analyses of the plant pathogenic bacterium Xanthomonas we discovered a plethora of unknown transcribed sORFs, which potentially encode so-called µ-proteins. The present project aims at the identification of translated sORFs in the Xanthomonas genome and the characterization of corresponding µ-proteins with respect to their role in the Xanthomonas-plant interaction.