MetaProteomeAnalyzer Service (MetaProtServ)

Die Metaproteomik zielt auf die Erforschung zellulärer Funktionen komlexer Lebensgemeinschaften und ergänzt die Metagenomik and Metatranscriptomik als häufig eingesetzte Werkzeuge in der mikrobiellen Ökologie (z.B. humanes Darm-Mikrobiome, Biogasanlagen). Bioinformatische Werkzeuge, die für die Proteomik von Reinkulturen entwickelt wurden, können nicht zufriedenstellend Ergebnis benutzt werden. So führen Datenbanksuchen für die Proteinidentifizierung mit Metagenomsequenzen zu einer hohen Zahl redundanten Hits in den Suchergebnissen in Bezug auf Taxonomy und Funktion identifizierten Proteine. Für eine bessere Auswertung von Metaproteomdaten wurde deshalb MetaProteomAnalyzer (MPA) Software entwickelt. Im Rahmen von MetaProtServ soll das benutzerfreundliche Programm mit einer graphischen Oberfläche als Webservice verfügbar gemacht werden, um mehr Wissenschaftler von den Vorteilen der Metaproteomik zu überzeugen. Gezieltes Training von Anwendern und ein individueller Support sollen die Zugänglichkeit dieser Software in der wissenschaftlichen Gemeinschaft erleichtern. Die Funktionalität und die Wartungsfreundlichkeit werden für den zukünftigen Webservice sowie für eine eigenständige Version parallel basierend auf einem gemeinsamen Code und einer gemeinsamen Struktur weiterentwickelt. Die Software wird beispielsweise um Schnittstellen für den Import und Export von Metaproteomdaten (mzIdentML) erweitert. Der Webservice wird zukünftig vom de.NBI-Zentrum Bielefeld-Gießen (Center for Microbial Bioinformatics) gehostet, mit dem das de.NBI-Partnerprojekt MetaProtServ assoziiert ist.

Targeting cellular functions metaproteomics complements metagenomics and metatranscriptomics as tools widely applied in microbial ecology (e.g. human gut microbiome, biogas plants). Bioinformatic
tools developed for proteomics of pure cultures cannot satisfactorily deal with metagenome sequences required for protein identification in microbial communities and with redundancies in search results with respect to taxonomy and function of identified proteins. In order to exploit more information from current metaproteome datasets the MetaProteomAnalyzer (MPA) software was developed. Within MetaProtServ the GUI based MPA will be deployed as a webservice convincing more scientists from benefits of metaproteomics . Usability and maintainability of the software will be increased as the standalone MPA and webservice finally hosted at BiGi will have the same architecture and share the same code base. The MPA will be extended to support standard interfaces for import and export (mzIdentML) of metaproteomic datasets. Training and support for the scientific community will be intensified for different levels of users including experts and developers.