Identifizierung von Mikroorganismen mit MALDI-TOF-MS

Bei der Entwicklung schneller Diagnostik-Methoden mittels Massenspektrometrie zur Identifizierung von Mikroorganismen ist bisher nahezu ausschließlich  große Aufmerksamkeit auf pathogene Keime im medizinischen Umfeld gerichtet worden. Dabei werden häufig andere wichtige Einsatzmöglichkeiten, wie z.B. im Bereich der Lebensmittelhygiene und der mikrobiellen Umweltanalytik, vernachlässigt. Dies führt dazu, dass dort viele Keime nicht oder zu langsam (mit klassischen mikrobiologischen Methoden) identifiziert werden können.   Deshalb ist es das Ziel dieses Projektes, eine Datenbank mit massenspektrometrischen Daten (sog. Peptid Mass Fingerprints) für aus der Umwelt stammende kontaminierende Keime aufzubauen. Damit soll die Möglichkeit einer sehr schnellen Identifizierung von Mikroorganismen eröffnet werden. Als schnelle Identifizierungsmethodik soll die MALDI-TOF-Massenspektrometrie (MALDi-TOF-MS) etabliert werden. Für den Aufbau einer entsprechenden Datenbank müssen parallel die mittels MALDI-TOF-MS für jede mikrobielle Spezies ermittelten Fingerprints durch molekularbiologische Untersuchungen verifiziert werden. Dies erfolgt durch Kombination von PCR (Polymerase chain reaction) und Sequenzierungsanalyse. Die Datenbank kann (und soll) dann je nach Bedarf auch an Untergruppen von Keimen oder spezielle Fragestellungen einzelner Industriezweige (Boden, Luft, Wasser usw.) angepasst werden.